discrimination between gh-2 and gh-1 genes in rutilus kutum using sequencing and restriction enzymes

[ ' f i s h g e n o m e c o n t a i n s t w o c o p i e s o f g r o w t h h o r m o n e ( g h ' , ' 1 a n d g h ' , ' 2 ) a s a r e s u l t o f d u p l i c a t i o n p r o c e s s d u r i n g e v o l u t i o n . t h e a i m o f t h i s s t u d y w a s t o d i s t i n g u i s h g h ' , ' 1 f r o m g h ' , ' 2 g e n e s i n r u t i l u s k u t u m ( m a h i s e f i d ) f r o m t h e c a s p i a n s e a u s i n g s e q u e n c i n g t e c h n i q u e s a n d a p p l i c a t i o n o f s p e c i f i c r e s t r i c t i o n e n z y m e s f o r t h e s e l o c i . f o r t h i s p u r p o s e ' , ' f i v e f i s h w e r e r a n d o m l y s e l e c t e d a n d s a m p l e s f o r d n a e x t r a c t i o n w e r e i s o l a t e d f r o m c a u d a l f i n c l i p s . t h e d n a w a s e x t r a c t e d b y s a l t i n g ' , ' o u t m e t h o d . t h e n ' , ' f r a g m e n t s o f 3 3 3 a n d 4 1 0 b p f r o m e x o n 4 ' , ' i n t r o n 4 a n d e x o n 5 o f g h ' , ' 1 a n d g h ' , ' 2 g e n e s w e r e a m p l i f i e d a n d ' , ' f o l l o w i n g p u r i f i c a t i o n ' , ' s e q u e n c e d o n t h e g e l . g h ' , ' 1 s e q u e n c e o f r . k u t u m w a s n o t d i f f e r e n t f r o m t h a t o f c o m m o n c a r p o n t h e l o n g a l l e l e s h o w i n g 1 0 0 % o v e r l a p w i t h e a c h o t h e r . o n t h e s h o r t a l l e l e ' , ' h o w e v e r ' , ' t h e y s h o w e d d i f f e r e n c e s i n g h ' , ' 1 s e q u e n c e o f c a r p a t f o u r p o s i t i o n s n a m e l y 8 9 ' , 9 4 , 1 0 5 , ' a n d 1 6 4 b p w i t h a n o v e r l a p o f 9 9 % . t h e g h ' , ' 1 o v e r l a p p e d w i t h g h ' , ' 2 s e q u e n c e s f r o m b o t h c o m m o n c a r p a n d r . k u t u m a s 9 9 % a n d 8 6 % ' , ' r e s p e c t i v e l y . c o m p a r i s o n o f t h e g h ' , ' 1 a n d g h ' , ' 2 s e q u e n c e s d e r i v e d f r o m r . k u t u m s h o w e d t h a t t h e y m a i n l y d i f f e r e d i n i n t r o n 4 . o t h e r d i f f e r e n c e s o b s e r v e d w e r e m u t a t i o n s a t o n e o r m o r e n u c l e o t i d e s . d e s p i t e t h e h i g h s i m i l a r i t y i n t h e n u c l e o t i d e s e q u e n c e s ' , ' t h e d i f f e r e n c e s d e t e c t e d a r e a p p l i c a b l e a s s p e c i f i c g e n e t i c m a r k e r s f o r t h e d i s c r i m i n a t i o n b e t w e e n g h ' , ' 1 a n d g h ' , ' 2 . b y i d e n t i f y i n g a n d s e q u e n c i n g g h ' , ' 1 a n d g h ' , ' 2 g e n e s ' , ' t h e s e q u e n c e s o b t a i n e d c a n b e u s e d t o r e c o n s t r u c t t h e p h y l o g e n e t i c r e l a t i o n s ' , ' s t u d y d i f f e r e n t a l l e l i c f o r m s m o r e p r e c i s e l y ' , ' a n d e s t a b l i s h r e l a t i o n s h i p s b e t w e e n t h e s e l o c i w i t h i m p o r t a n t e c o n o m i c t r a i t s i n r . k u t u m f r o m t h e c a s p i a n s e a . ' ]